Авиони Југословенског аеротранспорта саобраћали су крајем осамдесетих година на више од 300 линија, од којих су две трећине биле међународне. У годинама рекорда, 1987/88/89, JAT се високо котирао на лествици највећих авиопревозника IATA-е и AEA, међу 31 у свету и 10 у Европи.

Почетком деведесетих година следи најтежи период у послератној историји бивше Југославије - рат, распад земље и санкције које су се прво и најтеже одражавале управо на националног авиопревозиоца. Убрзо после почетних трагичних дешавања Jat се вратио на тржиште и почео да хвата корак са светом. Већ 1994. обновио је дестинације и кренуо у нову епоху свог развоја, означену борбом за опстанак на светском небу. Сваке године резултати су били све бољи, да би 2006. године Jat Airways превезао 1.207.712 путника, 3556 тона робе и 689 тона поште и први пут после 1991. позитивно завршио пословну годину, са нето добитком од 3,8 милиона евра. Такви пословни резултати далеко су од оних какве Jat жели да постигне у наредном периоду, али показују тенденцију перманентног раста и то у изузетно тешком периоду за авиосаобраћај.

Међународна асоцијација за ваздушни саобраћај (IATA) у фебруару 2005. доделила је Jat Airways-у IOSA сертификат, чиме је потврдила да је Jat достигао, одржава и унапређује највише ваздухопловне стандарде у домену безбедности ваздушног саобраћаја и техничког одржавања. У децембру 2006. године сертификат је обновљен, чиме је српски национални превозилац постао прва авиокомпанија у свету која је обе контроле прошла без иједне неусаглашености са било којим од 800 строгих међународних стандарда које IATA прописује. Сертификат је најзначајнији за путнике јер потврђује да Jat спада међу најбезбедније компаније.

Највиши степен безбедности, флексибилна политика цена изражена широком лепезом промотивних тарифа, високи ниво услуге и борба за нова тржишта, најбољи су израз захвалности националне компаније за разумевање и подршку њеним верним путницима. Због чврстог опредељења да стално побољшава услуге коју нуди својим путницима, Jat Airways уводи резервације и продају карата путем интернета. Циљ овог пројекта је подизање квалитета услуге, уз рационализацију пословања, што је у складу са стратешким циљевима компаније. Jat је био прво јавно предузеће које је започело програм реструктуирања, што је неопходан услов за власничку трансформацију, од које Jat очекује обнову флоте и повратак на некадашње позиције једног од најбољих европских авиопревозилаца. Реализација тог стратешког циљ започела је у години јубилеја, у којој Јат прославља 60. рођендан и осам деценија успостављања цивилног ваздушног саобраћаја у Србији.